微阵列
DNA微阵列（DNA microarray）又称DNA阵列或DNA芯片，比较常用的名字是基因芯片（gene chip）。是一块带有DNA微阵列（microarray）的特殊玻璃片或硅芯片片，在数平方公分之面积上布放数千或数万个核酸探针；检体中的DNA、cDNA、RNA等与探针结合后，借由-{zh-cn:荧光;zh-tw:萤光}-或电流等方式侦测。经由一次测验，即可提供大量基因序列相关资讯。它是基因组学和遗传学研究的工具。研究人员应用基因芯片就可以在同一时间定量的分析大量（成千上万个）的基因表现，具有快速、精确、低成本之生物分析检验能力。
生产方式
基因芯片的制作方式基本可分为以下几型：
Stanford型
由美国斯坦福大学开发的cDNA array的制作方法，将预先合成好的核酸探针布放于玻片载体上。 优点：设计较长的探针长度可增加专一性。 缺点：芯片密度较光罩法低，并须有良好的保存设计。
这种方法又可分为点制法与印制法。
点制法是小规模生产或实验室自制的低密度芯片，以机械手臂上带有毛细作用的细微刻痕的钢针，将核酸探针溶液点放于玻片或聚酯纤维膜上。成本低廉，适合探针数少或制造需求量不大的状况。
印制法是从喷墨打印机的方式变化而来，用加热气泡的方式将核酸探针印于玻片上。使用制作良好的喷头可同时实现高密度、长探针的基因芯片；例如PhalanxJet。
原位合成法
原位合成（in situ synthesised），是原来用于电子芯片制作的光刻法（Photolithography），转为核酸序列的合成技术。利用光罩控制反应位置，将核苷酸分子依序列一个一个接上去；可大量生产超高密度的芯片。由于制程与光罩成本等因素，这种方法做出的探针长度约在25-mer以下；因此同一个基因需要多个探针对应，以避免误判。主要生产厂有 Affymetrix、Roche NimbleGen等。
微珠布放法
Illumina公司有其独特的微珠阵列，将核酸探针制作于微小颗粒上，再将其布放于特制玻片。
qPCR array
在96孔或384孔标准PCR盘或384孔微流体盘中，预先合成好即时PCR引子与探针，将检体注入后以定量PCR方式进行反应与侦测分析。分析量比传统芯片少，属于低密度阵列，但兼具准确定量与定性；并且设备与技术门槛低，一般分子生物实验室即可自行操作。 新的中密度qPCr array：OpenArray是Applied Biosystems（应用生命系统公司，隶属于Life Technologies集团）产品，在玻片大小的疏水性基板中分为数十个矩阵区域；矩阵内为亲水性表面的微孔，有一组预先合成好的引子与探针。现有的规格是每片玻片有12*4（48）个矩阵区域，每个区域为8*8（64）孔。预计2012年有新的12K芯片与专用机台上市。
原理
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种类
已商业化的芯片
DNA微阵列（DNA-microarray）:检测样本的genomic DNA，作为基因型别鉴定之检测。
cDNA微阵列（cDNA-microarray）:或称expression array，将样本中的mRNA转为cDNA后进行检测，作为基因表现程度之检测与比较。
miRNA微阵列（miRNA-microarray）:检测miRNA相关的基因调控机制。
ChIP-chip :chromatin immunoprecipitation on chip
高通量核酸定序芯片：合并特殊PCR反应及微阵列侦测技术转作为基因定序之用。
临床检测微管芯片：将低密度微阵列附于特制检验管底部，用以检测特定病原或癌症指标的试剂组。
CGH芯片：染色体芯片（array Comparative Genomic Hybridization，aCGH或称Chromosomal Microarray Analysis，CMA）
SNP芯片：可检测基因多型性（Polymorphisms）。
基因甲基化芯片:检测DNA被甲基化修饰程度。
近商业化或开发中的芯片
电子定序芯片：结合奈米电机与电子学做为快速高通量核酸定序用的芯片。
微流体学（microfluidics）之临床诊断用芯片。