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[[消化系统]]所作的检查包括内镜（一种光纤管，医生可通过它观察内部结构和取得一些组织[[标本]]）、[[X线]]、[[超声波]]扫描、[[放射性]]示踪检查以及[[化学]]测定法。这些检查能帮助诊断和定位病变，有时还能起到治疗作用。一些检查需要事前清洗肠道中的粪便，一些需要禁食8～12小时，也有一些则不需要作任何准备。

诊断[[疾病]]的第一步总是采集病史和[[体格检查]]。但是，消化系统疾病的[[症状]]常常比较模糊，医生难以据此而准确判断问题所在。也有一些[[精神疾病]]如[[焦虑症]]、[[抑郁症]]能影响消化系统，引起消化系统症状。

在对有[[消化道]]症状的病人作体格检查时，医生总是要检查[[腹部]]、[[肛门]]和[[直肠]]。用[[听诊器]][[听诊]]腹部，可了解是否有不正常的声音，[[触诊]]腹部，了解有无肿块和肿大的脏器，确定有无对[[触压]]敏感的部位。用戴手套的[[手指]]插入肛门和直肠进行检查，同时还可以采取少许[[粪便标本]]检查有无隐血。对女性病人，[[盆腔检查]]常有助于区别消化系统和[[妇科]]方面的疾病。根据问题的性质和部位，医生会安排适当的检查。
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